St. Petersburg adlı küçük ve sakin bir kasabada, teyzesi Polly, üvey kardeşi Sid ve kuzeni Mary ile birlikte yaşayan Tom Sawyer, okulu, çalışmayı ve kiliseye gitmeyi sevmeyen, hayal gücü geniş ve yaramaz bir çocuktur. Kurallarla çevrili medeniyetin sıkıcı dünyasından kaçmak için sürekli korsanlık ve soygunculuk oyunları kurgulayan Tom, zekası ve kurnazlığı sayesinde cezaları bile fırsata dönüştürmeyi başarır.
Kasabaya yeni gelen Yargıç'ın kızı Becky Thatcher'a ilk görüşte aşık olmasıyla birlikte, onun dikkatini çekmek ve hayranlığını kazanmak için türlü numaralara ve gösterişli hamlelere girişir. Ancak Tom'un yaramazlıklarla dolu çocukluk dünyası, kasabanın dışlanan ve kuralsız çocuğu Huckleberry Finn ile gece yarısı siğillerini iyileştirmek için gittikleri mezarlıkta şahit oldukları kan dondurucu bir olayla bambaşka bir yola sapar.
Bir cinayete tanık olan ve korkudan kan yemini ederek sessiz kalmaya karar veren Tom ve Huck, suçsuz bir adamın, Muff Potter'ın asılma tehlikesiyle karşı karşıya kalması üzerine ağır bir vicdan yükü omuzlamaya başlarlar. Gerçek katil olan intikamcı Kızılderili Joe'nun korkusu çocukların rüyalarına girerken, Tom bir yandan vicdanının sesini dinlemek, diğer yandan hayatını korumak arasında sıkışıp kalır.
Gündelik dertlerden, okul baskısından ve kız kırgınlıklarından bunalan Tom, en yakın arkadaşları Joe Harper ve Huck Finn ile birlikte evden kaçarak Mississippi Nehri'ndeki ıssız Jackson Adası'nda "korsan" olmaya karar verir. Kasaba halkı onların boğulduğunu sanıp gözyaşı dökerken, çocuklar kendi cenaze törenlerine katılarak tüm köyü şaşkına çevirmeyi başarırlar.
Ancak gerçek tehlikeler bitmemiştir; gizli bir define arayışı sırasında perili bir evde Kızılderili Joe ile yolları tekrar kesiştiğinde ve karanlık sırların izini sürdüklerinde olaylar çok daha büyük bir gerilime sürüklenir. Becky'nin düzenlediği bir piknik sırasında devasa ve karanlık McDougal's Mağarası'na giren Tom ve Becky'nin labirent gibi yollarda kaybolmasıyla hikaye, klostrofobik bir hayatta kalma mücadelesine dönüşür.
Mumları tükenirken, karanlıkta ve açlıkla boğuşurken mağaranın derinliklerinde en büyük kabuslarıyla yüzleşmek zorunda kalırlar. Eser, yetişkinlerin ikiyüzlü, şekilci ve gösterişe dayalı dünyasını küçük bir çocuğun saf ama bir o kadar da zeki gözünden hicvederken; dostluk, vicdan, cesaret ve masumiyetin zorluklar karşısında nasıl olgunlaştığını anlatan, Amerikan edebiyatının temel taşlarından biri olan eşsiz bir büyüme serüvenidir.
