Faust, sadece bir adamın şeytanla yaptığı anlaşmayı değil, aydınlanma ve modernizm sancıları çeken bütün bir Batı uygarlığının hikayesini anlatan iki devasa kısımdan oluşur. Oyun, gökyüzünde Tanrı (Rab) ile Şeytan (Mefistofeles) arasında geçen bir iddiayla başlar. Mefistofeles, insanın zayıf bir akılla donatılmış, içgüdülerinin esiri zavallı bir yaratık olduğunu savunur ve yeryüzündeki en bilge insan olan Doktor Faust'u bile kolayca yoldan çıkarabileceğini iddia eder. Rab, Faust'un her zaman "çabalayan/arayış içinde olan" (striving) bir ruh olduğunu, hata yapsa bile bu arayışın onu sonunda doğruya götüreceğini söyleyerek iddiayı kabul eder.
Birinci Kısım (Faust I), yeryüzünde, gotik ve kasvetli bir odada bilim, felsefe, teoloji ve tıp okumuş ama evrenin asıl sırrına ulaşamadığı için ağır bir hiçlik (nihilizm) krizine girmiş yaşlı Doktor Faust ile başlar. Bilgi onu tatmin etmemiştir, intiharın eşiğindedir. Tam bu sırada Mefistofeles karşısına çıkar ve ona bir anlaşma teklif eder: Mefistofeles bu dünyada Faust'un emrinde olacak ve ona tüm dünyevi hazları, bilgileri ve deneyimleri sunacaktır. Ancak Faust, bir an bile durup "Ey zaman, ne kadar güzelsin, dur ve geçme!" (Verweile doch, du bist so schön!) diyecek kadar derin bir haz ve tatmin duyarsa, ruhu sonsuza dek şeytanın olacaktır. Anlaşma kanla imzalanır. Şeytan onu gençleştirir ve ilk trajedi başlar. Faust, saf ve masum bir kasaba kızı olan Gretchen'e (Margarete) aşık olur (daha doğrusu şehvet duyar). Mefistofeles'in yardımıyla kızı baştan çıkarır, kızın annesinin ve abisinin ölümüne neden olur, kızı gayrimeşru bir çocukla yapayalnız bırakır. Gretchen delirir, kendi bebeğini boğar ve idama mahkum edilir. Faust onu kurtarmaya çalışsa da Gretchen ilahi adalete sığınır ve idam edilir; Birinci Kısım, masumiyetin kanlı bir yıkımıyla biter.
İkinci Kısım (Faust II), kişisel ve küçük bir kasaba trajedisinden çıkıp "makro-tarihsel" bir boyuta geçer. Goethe, burada devletlerin, ekonomilerin ve imparatorlukların trajedisini yazar. Faust ve Mefistofeles Alman İmparatoru'nun sarayına giderler. İmparatorluk iflasın eşiğindedir. Mefistofeles, tarihteki ilk "karşılıksız kağıt para" (fiat money) sistemini icat ederek devleti sahte bir zenginliğe boğar; Goethe, modern kapitalizmin o enflasyonist ve yok edici doğasını muazzam bir şekilde hicveder. Ardından Faust'un eski asistanı Wagner, bir laboratuvarda tüpün içinde suni bir insan (Homunculus) yaratır; bu, modern bilimin doğaya müdahalesinin ve yapay zekanın ilk felsefi uyarısıdır. Faust, Antik Yunan mitolojisinin içine girerek Güzellik idealini temsil eden Helen (Truvalı Helen) ile evlenir, ondan Euphorion adında bir çocuğu olur, ancak çocuk (şair Byron'ı temsil eder) uçmaya çalışırken düşüp ölür. Klasik ahenk ile modern hırs bir arada yaşayamaz.
Eserin en çarpıcı yeri finalidir. Çok yaşlanan ve gözleri kör olan Faust, büyük bir mühendislik projesine girişir. Denizi doldurarak bataklıkları kurutup yeni bir yaşam alanı (modern bir medeniyet) inşa etmek ister. Ancak bu "ilerleme" (progress) projesi uğruna, o bölgede yaşayan yaşlı ve masum bir çiftin (Philemon ve Baucis) evinin yakılıp öldürülmelerine göz yumar. Modernizmin ilerlemesi kan dökmek zorundadır. Faust, inşa edilen bu yeni dünyaya bakarak, özgür insanların özgür bir topraklarda yaşayacağını hayal eder ve hayatında ilk kez tatmin olarak "Dur ey zaman, ne kadar güzelsin!" der ve anında ölür. Mefistofeles sözleşme gereği ruhu almaya gelir. Ancak gökten inen melekler Faust'un ruhunu şeytanın elinden kapıp cennete götürürler. Çünkü felsefi hüküm şudur: "Kim ki durmaksızın çabalar ve arar, biz onu kurtarabiliriz." Faust cennete, "Ebedi Dişilik" (Das Ewig-Weibliche) formundaki Gretchen'in affediciliğiyle çekilir.
