Lycidas, Milton'ın Cambridge Üniversitesi'nden tanıdığı ve 1637 yılında İrlanda Denizi'nde gemisinin batması sonucu genç yaşta boğularak ölen din adamı adayı/şair Edward King'in anısına kaleme alınmış bir pastoral ağıttır. Milton şiire, aslında henüz böyle büyük bir eser yazmak için kendini hazır hissetmediğini, yeteneğinin tam olgunlaşmadığını (defne ve mersin yapraklarını zamanından önce koparmak zorunda kaldığını) ancak "acımasız mecburiyetin" onu şiir yazmaya zorladığını ilan ederek başlar.
Şair, kendisini ve ölen arkadaşı Lycidas'ı (Antik Yunan pastoral geleneğinde sıkça kullanılan kurgusal bir çoban ismi) aynı sürüyü güden, aynı doğada şarkı söyleyen iki "çoban" olarak tasvir eder. Bu, onların Cambridge'de aldıkları ortak eğitimin ve edebi çalışmaların bir metaforudur. Ancak bu idilik geçmiş aniden kesilir; çünkü Lycidas sularda boğulmuştur. Şair, su perilerini ve doğa tanrılarını Lycidas'ı korumadıkları için suçlar.
Tam bu noktada şiir varoluşsal bir krize girer: "Madem kör kader, her türlü dünyevi hazdan vazgeçip gece gündüz çalışan erdemli bir genci aniden yok edebiliyor, o halde neden erdemli olalım? Neden şiir yazıp büyük bir 'şöhret' bekleyelim?" Milton, bu ontolojik sorunun cevabını Yunan tanrısı Apollon'un ağzından verir: Gerçek şöhret dünyadaki insanların alkışlarında değil, Tanrı'nın cennette vereceği nihai hükümdedir.
Eserin en sarsıcı ve tutarsız kırılma noktası, Hristiyan azizi Petrus'un (Galile Gölü'nün Pilotu) aniden pastoral sahneye girmesidir. Petrus, denizde boğulan iyi kalpli Lycidas için yas tutarken, asıl öfkesini yaşayan ama ahlaksız, açgözlü, sürüsünü beslemeyen İngiliz din adamlarına yöneltir. Milton, dönemin Anglikan kilisesini "kör ağızlar" (blind mouths) diyerek tarihin en ağır felsefi hakaretlerinden biriyle tanımlar. Onlar, halka ruhsal gıda vermeyen, sadece kilisenin zenginliklerini sömüren sahte çobanlardır. Petrus, bu sahte çobanları cezalandıracak iki elli, devasa bir ilahi silahın yolda olduğunu müjdeler.
Bu sert teolojik öfke patlamasının ardından pastoral sükunet geri döner. Şair, doğadaki tüm çiçekleri Lycidas'ın sembolik tabutunu süslemek için çağırır. Şiirin finalinde, boğulan bedenin okyanusun dibinde kaybolmuş olsa da, Lycidas'ın ruhunun İsa'nın gücüyle tıpkı güneşin batıp ertesi gün yeniden doğması gibi cennette dirildiğini ilan eder. Hristiyan kurtuluşu sağlandıktan sonra yas biter. Şiirin anlatıcısı olan çoban, pelerinini toplar ve yüzünü geleceğe dönerek "Yarın yeni ormanlara ve yeni meralara" diyerek hayata geri döner.
