Roman, Osmanlı İmparatorluğu'nun (kitapta devletin adı pek geçmez ama başkent İstanbul'dur) en gizemli ve en korkulan kurumu olan "Tabir Sarrail"de (Rüyalar Sarayı) geçer. Bu kurumun görevi, imparatorluğun dört bir yanından gelen vatandaşların rüyalarını toplamak, tasnif etmek, yorumlamak ve devletin geleceği için tehlike veya müjde içeren "Baş Rüya"yı (Master-Dream) bulup Padişah'a sunmaktır. Çünkü inanışa göre Allah, dünyada olacak her şeyi önce rüyalarda kuluna bildirir; devletin bekası, bu mesajları çözmeye bağlıdır.
Romanın kahramanı Mark-Alem, imparatorluğun en köklü ve güçlü ailelerinden biri olan Köprülü (Arnavutça: Qyprilli) ailesinin genç ferdidir. Aile, devlete sadrazamlar yetiştirmiş ama aynı zamanda her an Padişah'ın gazabına uğrama korkusuyla yaşayan bir hanedandır. Mark-Alem, ailenin tavsiyesiyle Rüyalar Sarayı'nda işe başlar.
Mark-Alem, "Seçim" bölümünde işe girer. Burası, ülkenin her yerinden çuvallarla gelen rüyaların ilk elden ayıklandığı yerdir. Sıradan, cinsel içerikli veya anlamsız rüyalar elenir; siyasi önemi olabilecekler üst birimlere gönderilir. Mark-Alem, zamanla bu devasa, labirent gibi, penceresiz ve tozlu binada yükselir. "Yorum" bölümüne geçer. Burada rüyalar, şifreli metinler gibi çözülür. Bir kasabın gördüğü rüya, bir isyanın habercisi olabilir; bir manavın rüyası, bir vezirin kellesinin gitmesine neden olabilir.
Roman boyunca Mark-Alem, hem binanın fiziksel labirentinde hem de iktidarın karanlık oyunlarında kaybolur. Rüyalar Sarayı, insanların bilinçaltını bile kontrol eden, herkesin birbirinden şüphelendiği, korkunç bir mekanizmadır. Mark-Alem, ailesinin (Köprülülerin) iktidar mücadelesinde bir piyon olduğunu fark eder.
Finalde, Saray'ın arşivlerinde "Baş Rüya" aranmaktadır. Bulunan bir rüya (bir köprü ve üzerinde çalınan bir müzik aleti ile ilgilidir), Köprülü ailesine yönelik bir felaketin işareti olarak yorumlanır. Devlet, bu rüyayı bahane ederek Köprülü ailesine saldırır, Mark-Alem'in dayısı Kurt Paşa idam edilir, aile kanlı bir baskına uğrar. İronik ve trajik bir şekilde, tüm bu sürecin sonunda Mark-Alem terfi ettirilir ve Rüyalar Sarayı'nın başına, yani kendi ailesinin ölüm emrini veren (dolaylı olarak) kurumun tepesine getirilir. Mark-Alem artık sistemin başıdır ama aslında onun en büyük kurbanı ve tutsağıdır. Roman, onun bu gücün ağırlığı ve korkusu altında ezilmesiyle biter.
