Kitap, Hans Castorp adında, Hamburg'lu, gemi mühendisi adayı, "basit ama hoş" bir gencin hikayesini anlatır. Hans, İsviçre'nin Davos kasabasındaki Uluslararası Berghof Sanatoryumu'nda kalan veremli kuzeni Joachim Ziemssen'i ziyarete gider. Niyeti sadece 3 hafta kalıp dönmektir. Ancak sanatoryumun o "büyülü" atmosferine, "yukarıdaki" oksijensiz havaya ve oradaki zamansızlığa kapılır. Doktorlar onda da küçük bir leke bulur ve Hans Castorp'un 3 haftalık ziyareti tam 7 yıla uzanır.
Sanatoryum, hasta Avrupa toplumunun bir mikrokozmosudur. Hans burada, "aşağıdaki" (dünyadaki) hayattan tamamen kopar. Burada zaman farklı akar; günler, aylar, yıllar birbirine karışır. Hans'ın eğitimi (Bildung) burada başlar. İki büyük mentoru vardır: Biri İtalyan hümanist, aydınlanmacı, ilerlemeci ve mason Lodovico Settembrini; diğeri ise Cizvit eğitiminden geçmiş, komünist, terörü ve ölümü kutsayan, mistik ve karanlık Leo Naphta. Bu iki karakter, Hans'ın ruhunu ele geçirmek için sürekli tartışırlar. Settembrini aklı ve yaşamı, Naphta ise bedeni ve ölümü savunur.
Hans ayrıca, "kısık gözlü" Rus kadın Clavdia Chauchat'a hastalıklı ve tutkulu bir aşk duyar. Aşk, hastalık ve ölüm burada iç içe geçmiştir. Daha sonra romana dahil olan Mynheer Peeperkorn karakteri ise, entelektüel tartışmaların ötesinde, saf yaşam enerjisini ve kişiliğin gücünü temsil eder.
Hans Castorp bu 7 yıl boyunca tıp, psikoloji, müzik ve siyaset üzerine derinleşir, "hayatın dahi çocuğu" olur. Ancak bu "büyülü" uyku hali, tarihin en büyük gürültüsüyle bozulur: I. Dünya Savaşı patlak verir. "Büyülü Dağ"ın üzerindeki büyü bozulur, herkes dağılır. Roman, Hans Castorp'un savaş meydanlarında, bombaların altında, muhtemelen ölüme doğru koşmasıyla biter.
